Отделы восточных рукописей и редких книг Самаркандского университета имени Алишера Навои являются уникальными центрами республиканского значения. Еще в 30-40-е годы минувшего века их фонд пополнялся литературой, полученной в дар от известных ученых города: В. Л. Вяткина, А. М. Завадского, Я. А. Левена, Н. А. Меркуловича, Л. Н. Парфентьева, В. П. Смирнова и А. М. Титова. В эти же годы туда была передана значительная часть литературы из Учительского института Наркомпроса Узбекской ССР.
Позднее фонды отдела пополнились книгами, подаренными Самаркандской библиотеке Московским, Казанским и Саратовским университетами. Свой вклад в 1956 году сделали и коллективы самаркандских учебных заведений, который дополнился книгами из личных библиотек профессоров В. И. Анучина, и Л. М. Исаева, Л. Н. Лакипа и Е. И. Проскорякова, Н. П. Романова, А. Г. Саади и И. И. Умнякова.
В настоящее время фонд редких книг СамГУ, изданных до 1917 года, насчитывает 15 тысяч экземпляров изданий на русском языке и более 10 тысяч на иностранных языках. В этом отделе собран богатейший материал по истории, археологии, этнографии, литературоведению, языкознанию, философии, этике, логике, истории религии и искусств, а также по естественным и точным наукам. Это всевозможные энциклопедии, календари, справочная литература по многим отраслям знаний.
Большую часть фонда составляют книги по истории общественной мысли, о важнейших событиях истории мирового развития, о судьбах России, об отечественной культуре и быте. Философские науки представлены работами И. Канта, О. Конта, В. Бауэра, Э. Геккеля, Декарта, Ф. Ницше, М. Нордау, П. Буланже. Есть литература об истории зарубежных стран с древнейших времен и до двадцатого века, книги по археологии и нумизматике, выпущенные с 1740 по 1917 годы. Представляют интерес для читателя книги и исследования о жизни царских семей и великих людей разных эпох, а также описания путешествий по разным странам и континентам.
Любопытны книги по математике, физике и астрономии: Бонол Р. "Неевклидова геометрия", Спб. 1910; Клейн Ф. "Вопросы элементарной и высшей математики" М. 1912; Литров У. "Тайны неба" Спб. 1840; Мейер В. "Тайны мироздания" М. 1903; Нечаев А. "Что говорят камни?" "Жизнь минералов" Спб. 1906; Плотников И.С. "О возможности существования фотохимической реакции" Петербург 1917; Кюри М. "Радиоактивность" М. 1912.
Есть широкий выбор книг для лиц, интересующихся краеведческой литературой прошлого века, а также для ценителей периодической печати - журналы "Божий мир", "Русская мысль", "Вестник Европы", "Живая старина", "Временник императорского общества", "Старые годы", "Журнал русского химического и физического общества" (1776- 1917).
Собрание редких книг хранит "Библию" издания 1881 года и "Коран" в переводе Гордия Саблукова 1890 года. Отдел содержит также книги, изданные в дореволюционной России (Н. В. Гоголь, Л. Вяземский, М. Ломоносов, Н. Некрасов, Ф. Достоевский, Д. С. Мережковский, Н. Лесков), и издания на немецком, английском, французском и греческом языках.
Отдел восточных рукописей библлиотеки СамГУ, созданный в 1961 году, является богатейшим собранием письменных памятников, датируемых XIII - началом XX столетия. Отдел насчитывает около 10 тысяч восточных рукописей и литографических изданий на таджикско-узбекском, тюрко-узбекском, арабском и других языках.
Первой попыткой информировать научную общественность о фонде отдела стал изданный в 1977 году "Список восточных рукописей". В 1989 году был опубликован "Каталог рукописей А. Джами" и "Библиографический указатель арабских, персидских и тюркских физико-математических рукописей восточного отдела". Собрание восточных рукописей фонда в основном посвящено истории Средней Азии, науке, языку и литературе живущих здесь народов.
Здесь представлены произведения классиков восточной литературы народов Востока: Саади Ширази, Хафиза Ширази, Абдурахмана Джами, Алишера Навои, Фариддина Аттара, Машраба Намангани, историков Хондамира, Али Сафи и других.
Произведения эти напмсаны на бумаге, производимой в Самарканде и Коканде, В России, Китае, Турции и Индии. Фонд отдела рукописей собран в учебных и научных целях и используется для написания магистерских, выпускных и курсовых работ студентами, кандидатских и докторских диссертаций преподавательским составом и аспирантами.
Рукописный и литографический фонд используется также для подготовки научных и научно-практических конференций, тематических выставок, посвященных юбилеям великих ученых Востока, поэтому содержит большое количество дублетных экземпляров.
Это собрание памятников имеет большую научную значимость и является не только гордостью университета, но и национальным достоянием республики. Многие памятники не только редкие и ценные, но в то же время уникальные и невосполнимые.